HKBP berdiri pada tanggal 07 Oktober 1861, mendapat pengakuan pemerintah melalui Staatsblad no. 48 tanggal 11 Juni 1931, diperbaharui melalui Staatsblad no. 360, tahun 1932 dan mandiri tahun 1940. Pengakuan ulang Pemerintah Republik Indonesia tanggal 2 April 1968, No. : Dd/P/DAK/d/135/68. Pengakuan ulang Pemerintah RI Cq Dep. Agama RI No. 33 tanggal 6 Pebruari 1988.

Sampai  April  2003, jumlah umat HKBP lebih 3 juta jiwa, yang dilayani oleh  1.115 Pendeta, 250 Calon Pendeta, 550 Guru Jemaat, 28 Calon Guru Jemaat, 309 Bibelvrouw, 49 Calon Bibelvrouw, 193 Diakones, 38 Calon Diakones, dan 5 Evangelis.  Keseluruhan pelayan dan calon pelayan berjumlah 2.537 orang.

Jemaat lokal tersebar di seluruh Indonesia yang bersekutu dalam 25 Distrik, (diantaranya 7 Distrik yang baru diresmikan pada Sinode Agung ke-57 di Seminarium Sipoholon pada tanggal 30 September s/d 04 Oktober 2002), 490 Resort dan Persiapan Resort, berjumlah 3017 (Gereja atau Jemaat). Selain itu, ada 4 Gereja di USA (New York, Seattle, California dan Colorado), dan 1 Gereja di Singapore dan 1 di Kuala Lumpur.

HKBP adalah  anggota Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI), Konferensi Kristen Asia (CCA), Federasi Gereja Lutheraan se-Dunia (LWF), Dewan Gereja-gereja se-Dunia (WCC), United in Mission (UEM), dan memiliki mitra di berbagai negara di  Asia, Afrika, Australia, Amerika dan Eropa.